Em 2002, tornou-se o vencedor Sanfrecce primeira etapa anterior (primeira fase, 1994) a ser relegado para a divisão inferior, J2. Mas ele só passou um ano lá, terminando a segunda temporada muito próximo de recuperar promoção de volta a J1. O clube terminou em 16 º na temporada de 2007 e foram relegados a J. League Division 2 depois eles foram espancados por Kyoto Sanga na promoção / rebaixamento play-off. Em 2008, no entanto, ganhou o título de J2 na primeira tentativa, com 84 pontos (uma diferença de 25 pontos com as equipas runner-up) com seis jogos restantes.
Em virtude de ganhar o quarto lugar na temporada de 2009 e Gamba Osaka retenção Copa do Imperador, Sanfrecce classificou para a Liga dos Campeões da Ásia, onde foram eliminados na fase de grupos.
Em 24 de novembro de 2012, Sanfrecce derrotado Cerezo Osaka 4-1 para selar sua primeira J. League Division 1 título.