Tem como maior ídolo da sua história o lateral-esquerdo Cortês, que atualmente defende o São Paulo.
Estreou no profissionalismo em 2006, no mesmo ano ficou em décimo-quarto no Campeonato Estadual da Terceira Divisão. No ano seguinte ficou em terceiro lugar, quase conseguindo o acesso.
Em 2008, foi quarto colocado na Copa Rio e sagrou-se campeão do Campeonato Carioca - Série C, sendo promovido à Segunda Divisão. Além do título, o Quissamã teve o artilheiro do Campeonato com 20 gols, que foi o jogador, Fabrício Ernesto Nogueira.
Em 2009, quando estreou na Segunda Divisão fez uma boa campanha e terminou em quarto lugar. Nos anos de 2010 e 2011 chegou bem próximo do acesso ficando na terceira colocação em ambos.
Seu estádio é o Municipal Antonio Carneiro da Silva, conhecido como Carneirão. Suas cores são azul e branco.